二次供水紫外線殺菌器在二次供水中的位置是有要求的，二次供水樓房是多層時關系不是很大，可是當樓房是高層的時候就要講究紫外線殺菌器的位置了。
二次供水紫外線殺菌器是由304不銹鋼加工成密閉反應腔，從兩頭穿過石英管和紫外線殺菌燈，紫外線殺菌燈要避免潮濕和水浸，所以石英管加密封組件使紫外線殺菌燈與水隔絕的作用，石英管在壓力均勻的情況下能抵抗很強的壓力，可是石英管是易碎品，在壓力不均勻的時候就很容易破碎。
水錘是指給水泵在起動和停機時，水流沖擊管道，產生的一種嚴重水擊。由水錘產生的瞬時壓強可達管道中正常工作壓強的幾十倍甚至于數百倍。這種大幅度壓強波動，可導致管道系統強烈振動，噪聲，并可能破壞閥門接頭。對管道系統有很大的破壞作用。
所以在水泵突然斷電的時候水錘會使紫外線殺菌器的燈管和石英管破碎，在安裝的時候要按照要求進行安裝，一般紫外線殺菌器安裝在水箱出口和變頻水泵中間，決不能安裝在水泵的出口處，因產生水錘后經過管道、閥門和水泵的葉片進行緩沖使水錘的破壞力降到了最低，也可以減少管網的高壓對紫外線消毒器的傷害，因此安裝在水泵的進水口處。
紫外線消毒器在安裝的時候為了便于以后維修要在紫外線殺菌器的兩頭（任意一頭）留出至少大于燈管的長度，方便更換燈管和清洗石英管。紫外線消毒器在安裝的時候建議在其他設備調試完畢后最后安裝，因為其他設備在調試的時候可能會出現滲水或冒水的問題防止紫外線殺菌器進水短路。
